在亞美斯多利斯期間愛德華?艾爾利克（樸璐美 飾）和弟弟阿爾方斯（釘宮理恵 飾）遭遇了還有兩個月就可以刑滿釋放的越獄犯梅爾文（森川智之 飾）結果發現對方擁有不輸於艾爾利克兄弟的強大煉金術根據梅爾文在監獄留下的蛛絲馬跡兄弟二人前往西方的大國古雷達調查在這裏他們的火車遭到神秘黑蝙蝠的襲擊同時也遇到了梅爾文尋找的少女茱莉亞?克萊頓（阪本真綾 飾）一番混亂之後他們相繼來到位於地下的貧困之鎮米洛斯米洛斯是大國夾縫中的犧牲品而她的人民也決定利用聖星的利用重新複興祖國與民族…… 　　本片根據荒川弘的漫畫原著改編